Una IPS de mediana complejidad en Medellín llevaba años midiendo su desempeño financiero por el ingreso total del mes: si entraba más de lo que salía, todo parecía estar bien. El problema apareció cuando, al revisar servicio por servicio, encontraron que uno de sus procedimientos más solicitados se facturaba por debajo de lo que costaba prestarlo, una vez se sumaban insumos, tiempo de sala y personal clínico. Llevaban meses «vendiendo» ese procedimiento con pérdida, compensada sin que nadie lo notara por otros servicios más rentables, hasta que el crecimiento en volumen de ese procedimiento específico empezó a golpear la caja de toda la institución.
Esta situación es más común de lo que parece en clínicas, IPS y consultorios: se factura, se cobra a la EPS o al paciente particular, y se asume que si la operación general no está en rojo, cada servicio individual está bien. Pero en un sector donde la cartera de las EPS presiona el flujo de caja y las tarifas no siempre se negocian con datos propios, saber cuánto cuesta realmente cada procedimiento dejó de ser un ejercicio contable opcional para convertirse en una decisión de supervivencia.
Por qué el costeo por procedimiento es distinto al costeo por paciente o por mes
Muchas instituciones de salud calculan sus costos de forma global: costo total del mes dividido entre el número de pacientes atendidos, o costo por área (consulta externa, hospitalización, cirugía) sin bajar al detalle de cada procedimiento. Ese nivel de agregación sirve para tener una foto general, pero esconde diferencias enormes entre servicios.
Dos procedimientos que se facturan por un valor similar pueden tener estructuras de costo completamente distintas: uno puede requerir insumos costosos pero poco tiempo de personal, y otro justo lo contrario. Si solo miras el promedio, nunca vas a saber cuál de los dos te está dejando margen y cuál te está costando plata.
Qué componentes entran en el costo real de un procedimiento
Para costear un procedimiento con seriedad, necesitas sumar al menos estos componentes:
- Insumos y medicamentos usados específicamente en ese procedimiento, valorados al costo de reposición, no al de compra histórica si los precios han subido.
- Personal clínico involucrado (médico, especialista, auxiliar, enfermería), calculado sobre el tiempo real dedicado al procedimiento, no sobre un promedio genérico.
- Tiempo de sala o de consultorio, que tiene un costo por minuto u hora asociado a la infraestructura, el mantenimiento y los servicios públicos del espacio.
- Overhead administrativo: facturación, auditoría de cuentas médicas, coordinación de citas y demás procesos de soporte que no se ven en el momento de la atención pero que también cuestan.
Dejar por fuera cualquiera de estos componentes, especialmente el overhead administrativo, es el error más común que hace que un procedimiento parezca más rentable de lo que realmente es.
Cómo estimar el impacto real de las glosas en la rentabilidad
Las glosas no son solo un problema de flujo de caja por el retraso en el pago: también reducen el ingreso efectivo de cada procedimiento cuando la EPS objeta parte de la cuenta y esa objeción termina siendo aceptada por la IPS. El proceso de glosas está regulado en el artículo 57 de la Ley 1438 de 2011 y desarrollado en la Resolución 2284 de 2023 del Ministerio de Salud, que fijó plazos puntuales: la entidad responsable de pago cuenta con 20 días hábiles desde la radicación de la factura para formular la glosa, la IPS tiene 15 días hábiles para responder, la entidad cuenta con 10 días hábiles adicionales para decidir, y hay 7 días hábiles más para subsanar las glosas que no se levantaron.
Para saber el impacto real en la rentabilidad de un procedimiento, no basta con mirar la tarifa pactada: hay que calcular qué porcentaje de esas cuentas termina glosado de forma definitiva en ese servicio específico, y restar ese valor del ingreso esperado. Un procedimiento con una tarifa atractiva pero con una tasa de glosas alta puede terminar siendo menos rentable que otro con tarifa más baja pero glosas casi inexistentes.
Tarifa negociada con la EPS vs. costo real del procedimiento
La tarifa que aparece en el contrato con la EPS es un punto de partida, no una garantía de rentabilidad. Esa tarifa se negoció en algún momento, muchas veces con información desactualizada sobre los costos reales de la institución, y no siempre se revisa con la frecuencia que ameritan los cambios en precios de insumos, salarios o infraestructura.
Comparar sistemáticamente tarifa contra costo real te permite identificar tres tipos de servicios:
- Servicios donde la tarifa cubre el costo con un margen razonable.
- Servicios donde la tarifa apenas cubre el costo, sin margen para imprevistos como glosas o insumos que suban de precio.
- Servicios donde la tarifa ya está por debajo del costo real, y cada atención adicional profundiza la pérdida.
Señales de que un servicio se está prestando por debajo de su costo
No siempre hace falta un costeo completo para sospechar que algo anda mal. Algunas señales de alerta son:
- El volumen de un procedimiento crece, pero el margen operativo general de la institución no mejora en la misma proporción.
- El personal reporta que ese procedimiento en particular «siempre toma más tiempo del previsto» o requiere insumos adicionales no contemplados originalmente.
- La tasa de glosas de ese servicio específico es notablemente más alta que el promedio de la institución.
- Hace más de un año que no se revisa el costo de ese procedimiento, mientras los precios de insumos y salarios sí se han ajustado.
Cualquiera de estas señales es suficiente para justificar un costeo puntual de ese servicio, sin esperar a hacer el ejercicio completo de toda la institución.
Cómo usar esta información para negociar contratos o ajustar el portafolio
Tener el costo real por procedimiento cambia por completo la conversación con las EPS y las decisions internas de la institución:
- Permite llegar a la negociación de tarifas con cifras propias, en lugar de aceptar lo que ofrece la contraparte sin poder sustentar un contraargumento.
- Facilita decidir si conviene mantener, reducir o dejar de ofrecer un servicio que sistemáticamente da pérdida, sobre todo si no tiene un valor estratégico para atraer otros pacientes o contratos.
- Ayuda a priorizar en qué procedimientos vale la pena invertir en eficiencia operativa, porque el retorno de esa inversión queda claro con datos y no por intuición.
Sin este dato, cualquier decisión sobre el portafolio de servicios se toma más por presión de la demanda que por rentabilidad real.
Con qué frecuencia actualizar el costeo en el contexto actual del sector salud
Varias fuentes del sector, entre ellas un análisis de la Unión de IPS citado por medios como El País y ELHERALDO, han señalado que el déficit patrimonial agregado de las EPS en Colombia se multiplicó de forma muy significativa en los últimos años, superando los 18 billones de pesos hacia el primer semestre de 2026, mientras las cuentas por pagar de las EPS a las IPS también alcanzaron cifras cercanas a los 40 billones de pesos, buena parte de ellas en mora superior a 90 días. Estas cifras varían según la fuente y el corte de tiempo, así que conviene verificarlas en el reporte más reciente disponible antes de usarlas en un informe interno o una negociación formal.
Lo que sí es una conclusión razonable a partir de ese panorama es que el deterioro financiero del sector hace más riesgoso operar con márgenes ajustados o desconocidos. Si antes era razonable revisar el costeo una vez al año, hoy conviene hacerlo con mayor frecuencia, al menos semestralmente, y de inmediato cada vez que cambie de forma relevante el precio de insumos críticos o las condiciones de un contrato con una EPS.
Errores frecuentes al costear procedimientos en salud
Al acompañar procesos de costeo en el sector, los errores que más se repiten son:
- Calcular el costo de personal con el salario base, sin incluir prestaciones sociales, seguridad social ni el tiempo no asistencial (juntas, formación, administrativo).
- No diferenciar entre el costo de un procedimiento realizado por primera vez y el de sus repeticiones o controles, que suelen ser más eficientes en tiempo.
- Ignorar el costo de las glosas no levantadas, tratándolas como una simple demora en el pago y no como una pérdida definitiva de ingreso.
- Hacer el costeo una sola vez y no actualizarlo, perdiendo de vista cambios en insumos, tarifas o volúmenes que alteran el resultado.
Por dónde empezar si tu institución nunca ha hecho este costeo
Si tu clínica, IPS o consultorio nunca ha costeado procedimientos de forma individual, no es necesario abordar todo el portafolio de una vez. Un camino práctico es:
- Identificar los cinco o diez procedimientos de mayor volumen o mayor peso en la facturación, y empezar el costeo por ahí.
- Reunir, para cada uno, el detalle real de insumos, tiempo de personal y tiempo de sala, no un promedio general de la institución.
- Cruzar ese costo con la tarifa efectivamente cobrada, descontando la tasa histórica de glosas de ese servicio.
- Documentar los hallazgos en un formato simple que se pueda actualizar, en lugar de un análisis que se hace una vez y queda archivado.
- Repetir el ejercicio con el resto del portafolio de forma progresiva, priorizando los servicios donde haya dudas o señales de alerta.
Este enfoque escalonado permite empezar a tomar decisiones informadas sobre los servicios más relevantes sin esperar a tener el costeo completo de toda la institución, que suele ser un proceso más largo y que se beneficia de tener ya una metodología probada en los primeros procedimientos.
Cómo la contabilidad y la gestión de costos trabajan juntas en este ejercicio
El costeo por procedimiento no es un ejercicio aislado del área financiera: necesita información contable confiable (costos reales de insumos, nómina, depreciación de equipos) cruzada con datos operativos (tiempos, volúmenes, tasas de glosa) que muchas veces están en sistemas distintos. Por eso los mejores resultados se dan cuando contabilidad, facturación y la coordinación asistencial trabajan sobre las mismas cifras. Si tu institución también maneja el cruce entre facturación electrónica y reportes a las EPS, te puede servir revisar nuestro artículo sobre facturación electrónica y RIPS, y si quieres una base metodológica para estructurar el costeo, esta guía sobre cómo implementar un sistema de costos por actividades (ABC) aplica muy bien al sector salud.
Por qué conviene apoyarse en asesoría especializada para este ejercicio
Costear procedimientos de salud con rigor exige cruzar información clínica, contable y de facturación que rara vez vive en un solo sistema, y errores en ese cruce llevan a decisiones equivocadas sobre tarifas o portafolio de servicios. Un equipo de gestión y asesoría en costos te ayuda a construir esa metodología de forma ordenada y a mantenerla actualizada en el tiempo, y si tu institución necesita además una mirada financiera integral frente al riesgo de cartera con las EPS, una asesoría financiera complementa ese análisis con proyecciones de flujo de caja.
Si quieres revisar con un especialista si tus procedimientos actuales son realmente rentables o si alguno está operando en pérdida sin que lo hayas notado, puedes agendar una cita en línea y empezar ese diagnóstico cuanto antes.
Este contenido tiene fines informativos y se basa en la normativa colombiana vigente. Las cifras en UVT, tasas y fechas de vencimiento se actualizan cada año: verifica los valores aplicables a tu período o consúltanos.